Index

A

a (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) accuracy() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) act_fn (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) act_fn_in (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) act_fn_out (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) activation (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) adapter_module (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute) add() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.Queue method) (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_cont method) (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_discrete method) add_h_unit() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) add_to_parser() (MolecularDiffusion.cli.data.VariadicOption method) adjust_bias() (in module MolecularDiffusion.utils.torch) adjust_weights() (in module MolecularDiffusion.utils.torch) aggregation_method (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantBlock attribute) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantUpdate attribute) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.GCL attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) align_atoms() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) align_target_with_reference() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) allow_n_bonds (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constant) allow_unknown (MolecularDiffusion.data.component.feature.NodeFeaturizer attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) allowed_bonds (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) allowed_shape (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constant) alpha() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) analyze() (in module MolecularDiffusion.cli.analyze) analyze_and_save() (in module MolecularDiffusion.runmodes.train.eval) analyze_node_distribution() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) analyze_stability_for_molecules() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) ANGLE_RELAX (in module MolecularDiffusion.runmodes.train.eval) annotate_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) annotate_db() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) append() (MolecularDiffusion.data.dataloader.DataQueue method)

area_under_prc() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) area_under_roc() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) as_mask() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) ase_db_path (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) ase_ops_group() (in module MolecularDiffusion.cli.data) assert_correctly_masked() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) assert_mean_zero() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) assert_mean_zero_with_mask() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) Atom (class in MolecularDiffusion.data.component.pointcloud) atom_center_identification() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_default() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_explicit_property_prediction() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_geom() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_geom_compact() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_geom_opt() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_geom_v2() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_pretrain() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_property_prediction() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_symbol() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_synthon_completion() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_topological() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) atom_types() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset method) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset method) atom_vocab (MolecularDiffusion.data.component.feature.NodeFeaturizer attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) ATOMIC_LEVEL_GROUPS (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_electronic) attention (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.GCL attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) augment() (in module MolecularDiffusion.cli.data) augment_charge() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) augment_distortion() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) augment_noise (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) augment_size() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) available_features() (MolecularDiffusion.data.component.feature.NodeFeaturizer class method)

B

BASE_ATOM_VOCAB (in module MolecularDiffusion.data.component.dataset) BasicMolecularMetrics (class in MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) batch_id (MolecularDiffusion.core.meter.Meter attribute) batch_size (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) batch_xtb_electronic() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_electronic) beta (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.EMA attribute) betas (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) bins (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_cont attribute) (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_discrete attribute) bond_default() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature)

bond_dict (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) bond_length() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) bond_matrix (MolecularDiffusion.utils.smilify.Molecule attribute) bond_pretrain() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) bond_property_prediction() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) bond_type_to_symbol() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) bonds1 (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) bonds2 (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) bonds3 (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) build() (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory method) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory method) build_molecule() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) build_xae_molecule() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer)

C

calculate_props() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) calculate_sa_score() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) calculateScore() (in module MolecularDiffusion.utils.sascore) call (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) capture_rdkit_log() (in module MolecularDiffusion.utils.io) CaptureStdIO (class in MolecularDiffusion.utils.io) cat() (in module MolecularDiffusion.utils.comm) (in module MolecularDiffusion.utils.torch) cdf_standard_gaussian() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) charge_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) check_chem_validity() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) check_connected() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) check_consistency_bond_dictionaries() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) check_issues_norm_values() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) check_mask_correct() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) check_neutrality() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_optimization) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) check_quality() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) check_sanity_xh() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) check_stability() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer), [1] check_symmetric() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) check_validity_v0() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) check_validity_v1() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) check_xyz() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_optimization) Chem (in module MolecularDiffusion.data.component.dataset) (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.ase_ops) (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.featurization) (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) chemical_validity() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) chkpt_path (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) cli() (in module MolecularDiffusion.cli.main) clip_noise_schedule() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) (in module MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel) clip_value (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) clipped_policy_gradient_objective() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) clipping_gradient (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) clone() (in module MolecularDiffusion.utils.torch) compare() (in module MolecularDiffusion.cli.analyze) compare_graph_topology() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) compile_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) compile_to_asedb() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) compute_all_metrics() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compare_to_optimized) compute_bond_angles_diff() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) compute_bond_lengths_diff() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) compute_coord_rmsd() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compare_to_optimized) compute_differences() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) compute_error() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) compute_error_pyG() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) compute_geom() (MolecularDiffusion.data.component.feature.NodeFeaturizer method) compute_loss() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) compute_loss_distillation() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) compute_loss_pyG() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) compute_md5() (in module MolecularDiffusion.utils.file)

compute_mean_mad_from_dataloader() (in module MolecularDiffusion.utils.diffusion_utils) compute_mmff_energy_drop() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) compute_molecules_stability() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) compute_molecules_stability_from_graph() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) compute_novelty() (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.BasicMolecularMetrics method) compute_ohe() (MolecularDiffusion.data.component.feature.NodeFeaturizer method) compute_rmsd() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) compute_statistics() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) compute_torsion_angles_diff() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) compute_uniqueness() (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.BasicMolecularMetrics method) compute_validity() (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.BasicMolecularMetrics method) compute_x_pred() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) compute_xtb_electronic() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_electronic) condition (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) condition_configs (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) condition_names (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) condition_tensor (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) condition_time (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN_dynamics attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.EGT_dynamics attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) conditional_generation() (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory method) Configurable (class in MolecularDiffusion.core.core) context_mask_rate (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) context_node_nf (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN_dynamics attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.EGT_dynamics attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) CONTEXT_SETTINGS (in module MolecularDiffusion.cli.analyze) (in module MolecularDiffusion.cli.main) convert_props_to_float() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) coord2cosine() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) coord2diff() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) coord_file (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) coord_mlp (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantUpdate attribute) coord_model() (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantUpdate method) coords_range (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantUpdate attribute) coords_range_layer (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantBlock attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute) correct_edges() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) (in module MolecularDiffusion.utils.molgraph_utils) cosine_beta_schedule() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) cosine_schedule() (in module MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel) count_atoms_from_xyz() (in module MolecularDiffusion.cli.predict) cov_radius() (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) cpu() (in module MolecularDiffusion.utils.torch) cpu_group (in module MolecularDiffusion.utils.comm) create_pyg_graph() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) (in module MolecularDiffusion.utils.molgraph_utils) criterion (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) CSV_FIELDS (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) cuda() (in module MolecularDiffusion.utils.torch) CUTOFF (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation)

D

data() (in module MolecularDiffusion.cli.data) data_augmentation (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) data_efficient_collator (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) data_type (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) DataLoader (class in MolecularDiffusion.data.dataloader) DataModule (class in MolecularDiffusion.runmodes.train.data) DataQueue (class in MolecularDiffusion.data.dataloader) dataset_name (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) dataset_smiles_list (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.BasicMolecularMetrics attribute) de (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) debug (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) degree_angles_ref (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constant) density_estimation() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) detach() (in module MolecularDiffusion.utils.torch) df (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) dim (MolecularDiffusion.modules.layers.common.SinusoidsEmbeddingNew attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.SinusoidalPosEmb attribute) dims (MolecularDiffusion.modules.layers.common.MLP attribute) dir_wandb (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.logger.Logger attribute) display (MolecularDiffusion.utils.pretty.PrettyPrinter attribute) dist_add_e (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute)

dist_mul_e (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) DIST_RELAX_BOND (in module MolecularDiffusion.runmodes.train.eval) DIST_THRESHOLD (in module MolecularDiffusion.runmodes.train.eval) distortion_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) DISTRIBUTED_DEFAULT_TIMEOUT_SEC (in module MolecularDiffusion.runmodes.train.eval) DistributionNodes (class in MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) DistributionProperty (class in MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) distributions (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionProperty attribute) download() (in module MolecularDiffusion.utils.file) dropout (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.GCL attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) dropoutE1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) dropoutE2 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) dropoutE3 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) dropoutX1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) dropoutX2 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) dropoutX3 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) dx (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) dy (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) dynamics (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) dynamics_in_node_nf (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) dynamics_teacher (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute)

E

e_att_mul (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) e_out (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) e_pos1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) e_pos2 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) e_x_mul (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) ECFP (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) edge_mlp (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.GCL attribute) edge_model() (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.GCL method) EDGE_THRESHOLD (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compute_metrics) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) edge_type (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) EGNN (class in MolecularDiffusion.modules.models.egcl) egnn (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN_dynamics attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.EGT_dynamics attribute) EGNN_dynamics (class in MolecularDiffusion.modules.models.egcl) EGT_dynamics (class in MolecularDiffusion.modules.models.egt) element (MolecularDiffusion.data.component.pointcloud.Atom attribute) Ellipsis (class in MolecularDiffusion.utils.pretty) ellipsis (in module MolecularDiffusion.utils.pretty) EMA (class in MolecularDiffusion.callbacks.train_helper) ema_decay (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) embedding (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute) embedding_out (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute) enforce_min_nodes_per_connector() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) Engine (class in MolecularDiffusion.core.engine) engine_wrapper() (in module MolecularDiffusion.cli.eval_predict) (in module MolecularDiffusion.cli.train) ensure_intact() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint)

EnVariationalDiffusion (class in MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) epoch (MolecularDiffusion.core.engine.Engine property) epoch2batch (MolecularDiffusion.core.meter.Meter attribute) epoch_id (MolecularDiffusion.core.meter.Meter attribute) eps (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.PositionsMLP attribute) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.SE3Norm attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) EquivariantBlock (class in MolecularDiffusion.modules.layers.conv) EquivariantUpdate (class in MolecularDiffusion.modules.layers.conv) estimate_batch_size() (in module MolecularDiffusion.data.dataloader) EtoX (class in MolecularDiffusion.modules.layers.conv) Etoy (class in MolecularDiffusion.modules.layers.conv) eval_mode (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) eval_predict() (in module MolecularDiffusion.cli.main) (MolecularDiffusion.molcraftdiff.MolCraftDiff method) eval_predict_main() (in module MolecularDiffusion.cli.eval_predict) evaluate() (in module MolecularDiffusion.runmodes.train.eval) (MolecularDiffusion.core.engine.Engine method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.task.Task method) (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.BasicMolecularMetrics method) expm1() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) ExtendedConnectivityFingerprint() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) extra_norm_values (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) extra_repr() (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.SE3Norm method) extract() (in module MolecularDiffusion.utils.file) extract_scaffold_and_fingerprints() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xyz2mol)

F

f1_max() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) FACTOR (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.gradient_clipping attribute) featurize() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.featurization) (MolecularDiffusion.data.component.feature.NodeFeaturizer method) featurize_all() (MolecularDiffusion.data.component.feature.NodeFeaturizer method) featurize_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) file (MolecularDiffusion.utils.io.CaptureStdIO attribute) filename (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) find_close_points_torch() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) find_close_points_torch_and_push() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) find_close_points_torch_and_push_op() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) find_close_points_torch_and_push_op2() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) find_close_points_torch_and_push_op_v0() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) find_connected_components() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) find_project_root() (in module MolecularDiffusion.molcraftdiff) find_subgraph_centroids() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) flatten() (MolecularDiffusion.core.core.Tree method) forbidden_atom (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) foreach (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) format() (in module MolecularDiffusion.utils.pretty) forward() (MolecularDiffusion.modules.layers.common.MLP method) (MolecularDiffusion.modules.layers.common.SinusoidalPositionEmbedding method) (MolecularDiffusion.modules.layers.common.SinusoidsEmbeddingNew method) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantBlock method) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantUpdate method) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EtoX method) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.Etoy method) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.GCL method) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock method) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.PositionsMLP method) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.SE3Norm method) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer method) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.Xtoy method) (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN method) (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN_dynamics method) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.EGT_dynamics method) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer method) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer method) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.GammaNetwork method) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.PositiveLinear method) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.PredefinedNoiseSchedule method) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.SinusoidalPosEmb method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction method)

frequencies (MolecularDiffusion.modules.layers.common.SinusoidsEmbeddingNew attribute) from_arrays() (MolecularDiffusion.data.component.pointcloud.PointCloud_Mol class method) from_xyz() (MolecularDiffusion.data.component.pointcloud.PointCloud_Mol class method)

G

gamma (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.PredefinedNoiseSchedule attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) gamma_0 (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.GammaNetwork attribute) gamma_1 (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.GammaNetwork attribute) gamma_tilde() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.GammaNetwork method) GammaNetwork (class in MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) gaussian_entropy() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) gaussian_KL() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) gaussian_KL_for_dimension() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) GCL (class in MolecularDiffusion.modules.layers.conv) generate() (in module MolecularDiffusion.cli.generate) (in module MolecularDiffusion.cli.main) (MolecularDiffusion.molcraftdiff.MolCraftDiff method) generate_blocks_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) generate_canonical_key() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) generate_main() (in module MolecularDiffusion.cli.generate) generate_mol_blocks_and_sdf() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) generate_morgan() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.featurization) generate_soap() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.featurization) GenerativeFactory (class in MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate) geom_feature (MolecularDiffusion.data.component.feature.NodeFeaturizer attribute) GEOM_FEATURES (MolecularDiffusion.data.component.feature.NodeFeaturizer attribute) geom_predictor() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) GeomMolecularGenerative (class in MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion) get() (MolecularDiffusion.core.core.Registry class method) get_adj_matrix() (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN_dynamics method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction method) get_alpha_bar() (MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel.NoiseModel method) get_alpha_sigma_t() (MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel.NoiseModel method) get_asset_path() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) get_bond_order() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) get_coord() (MolecularDiffusion.data.component.pointcloud.Atom method) (MolecularDiffusion.data.component.pointcloud.PointCloud_Mol method) get_cpu_count() (in module MolecularDiffusion.utils.comm) get_cutoffs() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) (in module MolecularDiffusion.utils.smilify)

get_default_valencies() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) get_electronegativity() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) get_group() (in module MolecularDiffusion.utils.comm) get_item() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset method) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset method) get_line_count() (in module MolecularDiffusion.utils.file) get_num_graphs() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) get_optimizer() (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory method) get_property() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset method) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset method) get_rank() (in module MolecularDiffusion.utils.comm) (MolecularDiffusion.utils.io.RankState class method) get_scheduler() (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory method) get_scscore_model() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) get_sigma_bar() (MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel.NoiseModel method) get_simple_valencies() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) get_tabasco_stats() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset method) get_target_count() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) get_versioned_output_path() (in module MolecularDiffusion.runmodes.train.eval) get_vram_size() (in module MolecularDiffusion.utils.torch) get_world_size() (in module MolecularDiffusion.utils.comm) get_xtb_energy() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compare_to_optimized) get_xtb_optimized_xyz() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_optimization) gpu_group (in module MolecularDiffusion.utils.comm) gpus (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) gpus_per_node (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) grad_clip_value (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) gradient_clip_algorithm (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) gradient_clip_mode (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) gradient_clipping (class in MolecularDiffusion.callbacks.train_helper) gradient_clipping_0 (class in MolecularDiffusion.callbacks.train_helper) gradient_interval (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) graph_collate() (in module MolecularDiffusion.data.dataloader) GraphDataset (class in MolecularDiffusion.data.component.dataset) GraphDiffTransformer (class in MolecularDiffusion.modules.models.egt) GraphTransformer (class in MolecularDiffusion.modules.models.egt) guess_bond_matrix() (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) GuidanceModelPrediction (class in MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion)

H

hard() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer method) hard_relax() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer method) hidden_dims (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) hidden_mlp_dims (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) hidden_nf (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantBlock attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute)

hidden_size (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) Histogram_cont (class in MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) Histogram_discrete (class in MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) hybiridization_map (in module MolecularDiffusion.data.component.dataset) hybrid_guidance() (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory method)

I

ignore_zeros (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_cont attribute) in_E (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) in_edge_nf (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) in_features (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.PositiveLinear attribute) in_node_nf (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN_dynamics attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.EGT_dynamics attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) include_charge (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) include_charges (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) include_cosine (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute)

index (MolecularDiffusion.data.component.pointcloud.Atom attribute) inflate_batch_array() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) init_process_group() (in module MolecularDiffusion.utils.comm) initialize_extra_nodes() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) initialize_extra_nodes_seed() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) input_choice() (in module MolecularDiffusion.utils.io) inspect_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) inspect_db() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.ase_ops) inverse_mapping (MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel.NoiseModel attribute) is_clean() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.ase_ops) is_cosymlib_available (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) is_fully_connected() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) is_rank_zero() (in module MolecularDiffusion.cli.eval_predict) (in module MolecularDiffusion.cli.generate) (in module MolecularDiffusion.cli.predict) (in module MolecularDiffusion.cli.train) is_valid() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) items (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.Queue attribute) iter_files() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation)

K

k (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) keys (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionNodes attribute)

kl_prior() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) kwargs (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute)

L

l1 (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.GammaNetwork attribute) l2 (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.GammaNetwork attribute) l3 (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.GammaNetwork attribute) lambda_ (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer attribute) lambda_2 (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer attribute) lambda_update_step (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer attribute) lambda_update_value (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer attribute) last_layer (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) layers (MolecularDiffusion.modules.layers.common.MLP attribute) lg (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) lin (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EtoX attribute) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.Etoy attribute) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.Xtoy attribute) lin_dist1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) lin_norm_pos1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) lin_norm_pos2 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) line (in module MolecularDiffusion.utils.pretty) linE1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) linE2 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) linear() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer method) linX1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) linX2 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) literal_eval() (in module MolecularDiffusion.utils.io) load() (MolecularDiffusion.core.engine.Engine method) (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule method) load_checkpoint_weights() (in module MolecularDiffusion.cli.eval_predict) load_config_dict() (MolecularDiffusion.core.engine.Engine class method) load_csv() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset method) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset method) load_db() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset method) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset method) load_file_list_from_dir() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xyz2mol) load_from_checkpoint() (MolecularDiffusion.core.engine.Engine class method) load_mlps_layer (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) load_model() (in module MolecularDiffusion.cli.generate) (in module MolecularDiffusion.cli.predict) load_molecules_from_xyz() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) load_npy() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset method) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset method) load_pickle() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset method) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset method) load_pkl (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) load_smiles() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset method) load_valency_table() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_stability) load_weights() (in module MolecularDiffusion.cli.train) load_xyz() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset method) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset method) log (in module MolecularDiffusion.cli.eval_predict) (in module MolecularDiffusion.cli.generate) (in module MolecularDiffusion.cli.predict) (in module MolecularDiffusion.cli.train) (in module MolecularDiffusion.utils.pretty) log() (MolecularDiffusion.core.logger.LoggerBase method) (MolecularDiffusion.core.logger.LoggingLogger method) (MolecularDiffusion.core.logger.WandbLogger method) (MolecularDiffusion.core.meter.Meter method) (MolecularDiffusion.utils.io.RankedLogger method)

log_config() (MolecularDiffusion.core.logger.LoggerBase method) (MolecularDiffusion.core.logger.LoggingLogger method) (MolecularDiffusion.core.logger.WandbLogger method) (MolecularDiffusion.core.meter.Meter method) log_constants_p_x_given_z0() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) log_constants_p_x_given_z0_pyG() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) log_hyperparameters() (in module MolecularDiffusion.cli.eval_predict) (in module MolecularDiffusion.cli.generate) (in module MolecularDiffusion.cli.predict) (in module MolecularDiffusion.cli.train) log_info() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) log_interval (MolecularDiffusion.core.meter.Meter attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.logger.Logger attribute) log_prob() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionNodes method) log_pxh_given_z0_without_constants() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) log_pxh_given_z0_without_constants_pyG() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) log_system_info() (in module MolecularDiffusion.cli.main) (in module MolecularDiffusion.molcraftdiff) logaritmic() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer method) Logger (class in MolecularDiffusion.runmodes.train.logger) logger (in module MolecularDiffusion.callbacks.train_helper) (in module MolecularDiffusion.cli.data) (in module MolecularDiffusion.cli.main) (in module MolecularDiffusion.core.engine) (in module MolecularDiffusion.core.meter) (in module MolecularDiffusion.data.component.dataset) (in module MolecularDiffusion.data.dataset) (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion) (in module MolecularDiffusion.molcraftdiff) (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_electronic) (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.ase_ops) (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.featurization) (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) (in module MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate) (in module MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl) (in module MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt) (in module MolecularDiffusion.utils.file) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) (MolecularDiffusion.core.logger.LoggingLogger attribute) (MolecularDiffusion.core.meter.Meter attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.logger.Logger attribute) LoggerBase (class in MolecularDiffusion.core.logger) LoggingLogger (class in MolecularDiffusion.core.logger) logistic() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer method) logP() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) long_array() (in module MolecularDiffusion.utils.pretty) loss_param (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) loss_type (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) lr (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute)

M

m (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.gradient_clipping attribute) (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.gradient_clipping_0 attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionNodes attribute) main() (in module MolecularDiffusion.cli.main) (in module MolecularDiffusion.molcraftdiff) (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xyz2mol) make_configurable() (in module MolecularDiffusion.core.core) mapping (MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel.NoiseModel attribute) mask_value (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) masked_mean() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) masked_softmax() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.conv) matthews_corrcoef() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) max_atom (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) max_grad_norm (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.gradient_clipping attribute) (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.gradient_clipping_0 attribute) max_grad_norms (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.gradient_clipping attribute) (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.gradient_clipping_0 attribute) max_len (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.gradient_clipping attribute) (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.gradient_clipping_0 attribute) (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.Queue attribute) MAX_SEED_VALUE (in module MolecularDiffusion.utils.torch) mean() (in module MolecularDiffusion.utils.torch) (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.Queue method) mean_with_nan() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) merge_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) merge_dbs() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.ase_ops) Meter (class in MolecularDiffusion.core.meter) meter (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) metric (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) metrics() (in module MolecularDiffusion.cli.analyze) MIN_SEED_VALUE (in module MolecularDiffusion.utils.torch) MLP (class in MolecularDiffusion.modules.layers.common) mlp (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.PositionsMLP attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) mlp_batch_norm (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) mlp_dropout (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) mlp_final (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) mlp_in_E (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) mlp_in_pos (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) mlp_in_X (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) mlp_in_y (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) mlp_out_E (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) mlp_out_pos (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) mlp_out_X (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) model (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) model_class (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) ModelTaskFactory (class in MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl) (class in MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt) module MolecularDiffusion MolecularDiffusion.callbacks MolecularDiffusion.callbacks.train_helper MolecularDiffusion.cli MolecularDiffusion.cli.analyze MolecularDiffusion.cli.data MolecularDiffusion.cli.eval_predict MolecularDiffusion.cli.generate MolecularDiffusion.cli.main MolecularDiffusion.cli.predict MolecularDiffusion.cli.train MolecularDiffusion.core MolecularDiffusion.core.core MolecularDiffusion.core.engine MolecularDiffusion.core.logger MolecularDiffusion.core.meter MolecularDiffusion.data MolecularDiffusion.data.component MolecularDiffusion.data.component.dataset MolecularDiffusion.data.component.feature MolecularDiffusion.data.component.pointcloud MolecularDiffusion.data.dataloader MolecularDiffusion.data.dataset MolecularDiffusion.data.valency_tables MolecularDiffusion.modules.layers.common MolecularDiffusion.modules.layers.conv MolecularDiffusion.modules.layers.functional MolecularDiffusion.modules.models MolecularDiffusion.modules.models.egcl MolecularDiffusion.modules.models.egt MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel MolecularDiffusion.modules.tasks MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics MolecularDiffusion.modules.tasks.regression MolecularDiffusion.modules.tasks.task MolecularDiffusion.molcraftdiff MolecularDiffusion.runmodes MolecularDiffusion.runmodes.analyze MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compare_to_optimized MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compute_metrics MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_electronic MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_optimization MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xyz2mol MolecularDiffusion.runmodes.data.ase_ops MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation MolecularDiffusion.runmodes.data.featurization MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation MolecularDiffusion.runmodes.generate MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate MolecularDiffusion.runmodes.train MolecularDiffusion.runmodes.train.data MolecularDiffusion.runmodes.train.eval MolecularDiffusion.runmodes.train.logger MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer MolecularDiffusion.utils MolecularDiffusion.utils.comm MolecularDiffusion.utils.diffusion_utils MolecularDiffusion.utils.file MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer MolecularDiffusion.utils.geom_constant MolecularDiffusion.utils.geom_constraint MolecularDiffusion.utils.geom_metrics MolecularDiffusion.utils.geom_stability MolecularDiffusion.utils.geom_utils MolecularDiffusion.utils.io MolecularDiffusion.utils.molgraph_utils MolecularDiffusion.utils.plot_function MolecularDiffusion.utils.pretty MolecularDiffusion.utils.sascore MolecularDiffusion.utils.smilify MolecularDiffusion.utils.torch module (in module MolecularDiffusion.core.engine) (in module MolecularDiffusion.utils.sascore) mol2smiles() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) mol_size (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) MolCraftDiff (class in MolecularDiffusion.molcraftdiff) MOLECULAR_LEVEL_GROUPS (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_electronic) MolecularDiffusion module MolecularDiffusion.callbacks module MolecularDiffusion.callbacks.train_helper module

MolecularDiffusion.cli module MolecularDiffusion.cli.analyze module MolecularDiffusion.cli.data module MolecularDiffusion.cli.eval_predict module MolecularDiffusion.cli.generate module MolecularDiffusion.cli.main module MolecularDiffusion.cli.predict module MolecularDiffusion.cli.train module MolecularDiffusion.core module MolecularDiffusion.core.core module MolecularDiffusion.core.engine module MolecularDiffusion.core.logger module MolecularDiffusion.core.meter module MolecularDiffusion.data module MolecularDiffusion.data.component module MolecularDiffusion.data.component.dataset module MolecularDiffusion.data.component.feature module MolecularDiffusion.data.component.pointcloud module MolecularDiffusion.data.dataloader module MolecularDiffusion.data.dataset module MolecularDiffusion.data.valency_tables module MolecularDiffusion.modules.layers.common module MolecularDiffusion.modules.layers.conv module MolecularDiffusion.modules.layers.functional module MolecularDiffusion.modules.models module MolecularDiffusion.modules.models.egcl module MolecularDiffusion.modules.models.egt module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion module MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel module MolecularDiffusion.modules.tasks module MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics module MolecularDiffusion.modules.tasks.regression module MolecularDiffusion.modules.tasks.task module MolecularDiffusion.molcraftdiff module MolecularDiffusion.runmodes module MolecularDiffusion.runmodes.analyze module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compare_to_optimized module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compute_metrics module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_electronic module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_optimization module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xyz2mol module MolecularDiffusion.runmodes.data.ase_ops module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation module MolecularDiffusion.runmodes.data.featurization module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation module MolecularDiffusion.runmodes.generate module MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate module MolecularDiffusion.runmodes.train module MolecularDiffusion.runmodes.train.data module MolecularDiffusion.runmodes.train.eval module MolecularDiffusion.runmodes.train.logger module MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl module MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt module MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer module MolecularDiffusion.utils module MolecularDiffusion.utils.comm module MolecularDiffusion.utils.diffusion_utils module MolecularDiffusion.utils.file module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer module MolecularDiffusion.utils.geom_constant module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics module MolecularDiffusion.utils.geom_stability module MolecularDiffusion.utils.geom_utils module MolecularDiffusion.utils.io module MolecularDiffusion.utils.molgraph_utils module MolecularDiffusion.utils.plot_function module MolecularDiffusion.utils.pretty module MolecularDiffusion.utils.sascore module MolecularDiffusion.utils.smilify module MolecularDiffusion.utils.torch module Molecule (class in MolecularDiffusion.utils.smilify) (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) molecule_default() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) multi_slice() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) multi_slice_mask() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) multinomial() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional)

N

n_atom_types (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) n_calls (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer attribute) n_dim_data (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) n_dims (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN_dynamics attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.EGT_dynamics attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) n_frames (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) n_frequencies (MolecularDiffusion.modules.layers.common.SinusoidsEmbeddingNew attribute) n_head (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) n_layers (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantBlock attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) n_neigh (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) n_node_dist (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) n_nodes (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionNodes attribute) name (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_cont attribute) (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_discrete attribute) name_wandb (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.logger.Logger attribute) natoms_file (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) ndim_extra (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) negative_target_values (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) no_rdkit_log() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) (in module MolecularDiffusion.utils.io) node_dist_model (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) node_feature_choice (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) node_mlp (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.GCL attribute) node_model() (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.GCL method) NodeEdgeBlock (class in MolecularDiffusion.modules.layers.conv) NodeFeaturizer (class in MolecularDiffusion.data.component.feature) NoiseModel (class in MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel) norm_biases (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) norm_constant (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantBlock attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) norm_diff (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantBlock attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute) norm_pos1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) norm_values (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute)

normalization (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.GCL attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) normalization_factor (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantBlock attribute) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantUpdate attribute) (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.GCL attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) normalize() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_discrete method) normalize_condition (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) normalize_histogram() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) normalize_pyG() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) normalize_tensor() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionProperty method) normalized_shape (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.SE3Norm attribute) normalizer (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionProperty attribute) normE1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) normE2 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) normX1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) normX2 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) nu_arr (MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel.NoiseModel attribute) num2symbol (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) num_atom_type (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset property) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset property) num_atoms (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset property) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset property) (MolecularDiffusion.utils.smilify.Molecule attribute) num_bins (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionProperty attribute) num_class (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) num_classes (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) num_epochs (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) num_generate (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) num_layers (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) num_mlp_layer (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) num_sublayers (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) num_targets (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) num_worker (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) num_workers (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) numBridgeheadsAndSpiro() (in module MolecularDiffusion.utils.sascore)

O

one_hot() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) onehot() (in module MolecularDiffusion.data.component.feature) optimize() (in module MolecularDiffusion.cli.analyze) optimize_molecule() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_optimization) optimizer (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) optimizer_choice (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) OptimSchedulerFactory (class in MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer)

out (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) out_dim_charges (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) out_dim_y (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) out_features (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.PositiveLinear attribute) output_path (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute)

P

p (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer attribute) pad_data() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction method) padded_to_variadic() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) parameters (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) parametrization (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) parser (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compare_to_optimized) (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compute_metrics) (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_optimization) path (in module MolecularDiffusion.utils.sascore) pearsonr() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) penalized_logP() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) phi() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) phi_distillation() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) phi_pyg() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) pin_memory (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) plot() (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_cont method) (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_discrete method) plot_both() (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_cont method) plot_correlation_with_histograms() (in module MolecularDiffusion.utils.plot_function) plot_correlation_with_kde() (in module MolecularDiffusion.utils.plot_function) plot_cosine_scheduler() (in module MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel) plot_embedding() (in module MolecularDiffusion.utils.plot_function) plot_histogram_distribution() (in module MolecularDiffusion.utils.plot_function) plot_kde_distribution() (in module MolecularDiffusion.utils.plot_function) plot_kde_distribution_multiple() (in module MolecularDiffusion.utils.plot_function) pointcloud_collate() (in module MolecularDiffusion.data.dataloader) pointcloud_collate_v0() (in module MolecularDiffusion.data.dataloader) pointcloud_dataset (class in MolecularDiffusion.data.dataset) pointcloud_dataset_pyG (class in MolecularDiffusion.data.dataset) PointCloud_Mol (class in MolecularDiffusion.data.component.pointcloud) PointCloudDataset (class in MolecularDiffusion.data.component.dataset) policy_gradient_objective() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) polynomial() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer method) polynomial_schedule() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) (in module MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel) pop() (MolecularDiffusion.data.dataloader.DataQueue method)

pos_att_mul (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) pos_x_mul (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) positions (MolecularDiffusion.utils.smilify.Molecule attribute) PositionsMLP (class in MolecularDiffusion.modules.layers.conv) PositiveLinear (class in MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) pre_softmax (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) precision (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) PredefinedNoiseSchedule (class in MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) predict() (in module MolecularDiffusion.cli.eval_predict) (in module MolecularDiffusion.cli.main) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.task.Task method) (MolecularDiffusion.molcraftdiff.MolCraftDiff method) predict_and_target() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.task.Task method) predict_main() (in module MolecularDiffusion.cli.predict) prepare() (in module MolecularDiffusion.cli.data) prepare_context() (in module MolecularDiffusion.utils.diffusion_utils) prepare_context_pyG() (in module MolecularDiffusion.utils.diffusion_utils) preprocess() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.task.Task method) preprocess_ref_structure() (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory method) PrettyPrinter (class in MolecularDiffusion.utils.pretty) print() (in module MolecularDiffusion.utils.pretty) prob (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionNodes attribute) project_wandb (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.logger.Logger attribute) prop_dist_model (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) PROPERTY_GROUPS (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xtb_electronic) property_guidance() (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory method) property_names (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionProperty attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) property_prediction() (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory method) ProperyPrediction (class in MolecularDiffusion.modules.tasks.regression)

Q

q (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) QED() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics)

Queue (class in MolecularDiffusion.callbacks.train_helper) queue (MolecularDiffusion.data.dataloader.DataQueue attribute)

R

r2() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) radius (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) random_rotation() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) range (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.Histogram_cont attribute) rank (MolecularDiffusion.utils.io.RankState attribute) rank_prefixed_message() (in module MolecularDiffusion.utils.io) rank_zero_only (MolecularDiffusion.utils.io.RankedLogger attribute) RankedLogger (class in MolecularDiffusion.utils.io) RankState (class in MolecularDiffusion.utils.io) ratio (MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer.BasicMolecularMetrics attribute) rdkit_mol (MolecularDiffusion.utils.smilify.Molecule attribute) read_fragment_scores() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) read_xyz() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) read_xyz_file() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) read_xyz_ob() (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) readFragmentScores() (in module MolecularDiffusion.utils.sascore) readout (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) readout_f() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction method) records (MolecularDiffusion.core.meter.Meter attribute) recursive_module_to_device() (in module MolecularDiffusion.utils.torch)

reduce() (in module MolecularDiffusion.utils.comm) reference_indices (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) register() (MolecularDiffusion.core.core.Registry class method) Registry (class in MolecularDiffusion.core.core) regularizer (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer attribute) remove_h_unit() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) remove_mean() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) remove_mean_pyG() (in module MolecularDiffusion.utils.molgraph_utils) remove_mean_with_mask() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) remove_mean_with_mask_v2() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) reset_parameters() (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.SE3Norm method) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.PositiveLinear method) resume() (MolecularDiffusion.core.engine.Engine method) reverse_tensor() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion) root (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) root_path (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) run() (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory method) run_compare_analysis() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compare_to_optimized) run_postbuster() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) run_processing() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xyz2mol) runner() (in module MolecularDiffusion.cli.predict) (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compute_metrics) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics)

S

SA() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) sample() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionNodes method) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionProperty method) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) sample_around_xh_target() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) sample_batch() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionProperty method) sample_center_gravity_zero_gaussian_with_mask() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) sample_chain() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) sample_chain_guide() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) sample_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) sample_combined_position_feature_noise() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) sample_conditonal() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) sample_db() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.ase_ops) sample_ddim() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_ddim_step() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_gaussian_with_mask() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) sample_guidance() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) sample_guidance_conitional() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) sample_hybrid_guidance() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative method) sample_normal() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_xh_given_z0() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_zs_given_zt() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_zs_given_zt_guidance_cfg() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_zs_given_zt_guidance_cfg_gg() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_zs_given_zt_guidance_v0() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_zs_given_zt_guidance_v1() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_zs_given_zt_guidance_v2() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_zs_given_zt_ip() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_zs_given_zt_op() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_zs_given_zt_op_ft() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sample_p_zs_given_zt_ssgd() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sampling_mode (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) sanitize_smiles() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.xyz2mol) sanitized_config_dict() (MolecularDiffusion.core.engine.Engine method) save() (MolecularDiffusion.core.engine.Engine method) save_every_val_epoch (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) save_features() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.featurization) save_pickle() (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset method) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset method) save_pkl (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) save_safetensors (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.featurization) save_top_k (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) save_xyz_file() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) save_xyz_file_atomic_numbers() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) save_xyz_tmp() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) SCALE_FACTOR (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compute_metrics) (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation) (in module MolecularDiffusion.runmodes.train.eval) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) scale_schedule() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) scheduler (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) scheduler_choice (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) scheduler_choice_kwargs (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute)

SCORES_THRESHOLD (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compute_metrics) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) SE3Norm (class in MolecularDiffusion.modules.layers.conv) search() (MolecularDiffusion.core.core.Registry class method) seed (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) seed_everything() (in module MolecularDiffusion.utils.torch) self_attn (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.XEyTransformerLayer attribute) separator (in module MolecularDiffusion.utils.pretty) set_epoch() (MolecularDiffusion.core.meter.Meter method) set_normalizer() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.DistributionProperty method) set_rank() (MolecularDiffusion.utils.io.RankState class method) shifted_softplus() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) short_cut (MolecularDiffusion.modules.layers.common.MLP attribute) show_schedule() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.GammaNetwork method) sigma() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) sigma_and_alpha_t_given_s() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) silent (MolecularDiffusion.core.meter.Meter attribute) simple_idx_match_check() (in module MolecularDiffusion.data.component.pointcloud) (in module MolecularDiffusion.utils.smilify), [1] sin_embedding (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantBlock attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) single_bond_only() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) SinusoidalPosEmb (class in MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) SinusoidalPositionEmbedding (class in MolecularDiffusion.modules.layers.common) SinusoidsEmbeddingNew (class in MolecularDiffusion.modules.layers.common) size_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) smart_open() (in module MolecularDiffusion.utils.file) smilfy_xtb() (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) smilify_cell2mol() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) smilify_openbabel() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) smilify_structure() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) smilify_wrapper() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics) SNR() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) softplus() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) SP_regularizer (class in MolecularDiffusion.callbacks.train_helper) sp_regularizer (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GeomMolecularGenerative attribute) spearmanr() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) split_cmd() (in module MolecularDiffusion.cli.data) split_db() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.ase_ops) stack() (in module MolecularDiffusion.utils.comm) (in module MolecularDiffusion.utils.torch) std() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.Queue method) std_mean (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) stderr (MolecularDiffusion.utils.io.CaptureStdIO attribute) stdout (MolecularDiffusion.utils.io.CaptureStdIO attribute) stdv (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) step() (MolecularDiffusion.core.meter.Meter method) str_atom() (MolecularDiffusion.data.component.pointcloud.PointCloud_Mol class method) structural_guidance() (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory method) subspace_dimensionality() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) sum_except_batch() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) symbol2num (in module MolecularDiffusion.utils.geom_analyzer) symbols (MolecularDiffusion.utils.smilify.Molecule attribute) synchronize() (in module MolecularDiffusion.utils.comm)

T

T (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.noisemodel.NoiseModel attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) t_max (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) table (MolecularDiffusion.core.core.Registry attribute) tanh (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.EquivariantUpdate attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) target() (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction method) (MolecularDiffusion.modules.tasks.task.Task method) target_fields (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) target_values (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) Task (class in MolecularDiffusion.modules.tasks.task) task (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) task_names (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) task_type (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egcl.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) task_wrapper() (in module MolecularDiffusion.utils.pretty) tasks (MolecularDiffusion.data.component.dataset.GraphDataset property) (MolecularDiffusion.data.component.dataset.PointCloudDataset property)

test_set (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) tf_layers (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphDiffTransformer attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.GraphTransformer attribute) THESHOLD (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) time (MolecularDiffusion.core.meter.Meter attribute) time() (in module MolecularDiffusion.utils.pretty) TIMEOUT (in module MolecularDiffusion.utils.smilify) TimeoutException timesteps (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.PredefinedNoiseSchedule attribute) total_charge (MolecularDiffusion.utils.smilify.Molecule attribute) train() (in module MolecularDiffusion.cli.main) (in module MolecularDiffusion.cli.train) (MolecularDiffusion.core.engine.Engine method) (MolecularDiffusion.molcraftdiff.MolCraftDiff method) train_main() (in module MolecularDiffusion.cli.train) train_ratio (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) train_set (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.tasks_egt.ModelTaskFactory attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) translate_to_origine() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint) (in module MolecularDiffusion.utils.geom_utils) Tree (class in MolecularDiffusion.core.core) truncation (MolecularDiffusion.utils.pretty.PrettyPrinter attribute)

U

unconditional_generation() (MolecularDiffusion.runmodes.generate.tasks_generate.GenerativeFactory method) unnormalize() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) unnormalize_z() (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.EnVariationalDiffusion method) unsorted_segment_sum() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.conv) unwrap_forward() (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN_dynamics method) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.EGT_dynamics method)

update() (MolecularDiffusion.core.meter.Meter method) update_average() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.EMA method) update_lambda() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer method) update_model_average() (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.EMA method) use_adapter_module (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN_dynamics attribute) use_ohe (MolecularDiffusion.data.component.feature.NodeFeaturizer attribute) use_ohe_feature (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute)

V

v (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) valid_set (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) valid_valencies (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constant) validation_interval (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) variadic_accuracy() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) variadic_arange() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_area_under_prc() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) variadic_area_under_roc() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) variadic_cross_entropy() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_log_softmax() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_max() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_mean() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_meshgrid() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional)

variadic_randperm() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_sample() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_softmax() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_sort() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_sum() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_to_padded() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) variadic_top_precision() (in module MolecularDiffusion.modules.tasks.metrics) variadic_topk() (in module MolecularDiffusion.modules.layers.functional) VariadicOption (class in MolecularDiffusion.cli.data) verbose (MolecularDiffusion.modules.tasks.diffusion.GuidanceModelPrediction attribute) (MolecularDiffusion.modules.tasks.regression.ProperyPrediction attribute) verify_datapoint() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.ase_ops) vertices_labels (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constant) vp_issnr_schedule() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion) vp_smld_schedule() (in module MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion)

W

WandbLogger (class in MolecularDiffusion.core.logger) warm_up_steps (MolecularDiffusion.callbacks.train_helper.SP_regularizer attribute) weight (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.SE3Norm attribute) (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.PositiveLinear attribute) weight_decay (MolecularDiffusion.runmodes.train.trainer.OptimSchedulerFactory attribute) WEIGHT_FACTOR (in module MolecularDiffusion.utils.geom_constraint)

weight_init_offset (MolecularDiffusion.modules.models.en_diffusion.PositiveLinear attribute) with_hydrogen (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) world_size (MolecularDiffusion.core.engine.Engine attribute) wrap_forward() (MolecularDiffusion.modules.models.egcl.EGNN_dynamics method) (MolecularDiffusion.modules.models.egt.EGT_dynamics method) write_xyz() (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.augmentation)

X

x (MolecularDiffusion.data.component.pointcloud.Atom attribute) x_e_mul1 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) x_e_mul2 (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) x_out (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) XEyTransformerLayer (class in MolecularDiffusion.modules.layers.conv) xtb_electronic() (in module MolecularDiffusion.cli.analyze) Xtoy (class in MolecularDiffusion.modules.layers.conv)

xyz2mol (in module MolecularDiffusion.runmodes.data.preparation) xyz2mol() (in module MolecularDiffusion.cli.analyze) (in module MolecularDiffusion.cli.predict) xyz2mol_cell2mol() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compare_to_optimized) xyz2mol_openbabel() (in module MolecularDiffusion.runmodes.analyze.compare_to_optimized) xyz_dir (MolecularDiffusion.runmodes.train.data.DataModule attribute) xyz_to_pdb() (in module MolecularDiffusion.utils.geom_metrics)

Y

y (MolecularDiffusion.data.component.pointcloud.Atom attribute) y_e_add (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute)

y_e_mul (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) y_x_add (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute) y_x_mul (MolecularDiffusion.modules.layers.conv.NodeEdgeBlock attribute)

Z

z (MolecularDiffusion.data.component.pointcloud.Atom attribute)